Cuando el emperador abandonó el imposible proyecto de invadir Gran Bretaña, decretó el denominado Bloqueo Continental, con el fin de asfixiar la economía inglesa, prohibiendo que la Europa continental comerciase con las Islas Británicas
El Tratado firmado entre Francia y España pretendía organizar la invasión conjunta de ambas potencias de Portugal, aliado de Gran Bretaña. Las cuestiones con Portugal no eran nuevas. La Francia del Directorio había firmado con España el Tratado de San Ildefonso en 1796, que comprometía a ambos países a ayudarse mutuamente frente a Gran Bretaña. Ya quedaba atrás la Guerra de la Convención. En el comienzo de la nueva centuria, Napoleón sabía que su combate contra Inglaterra pasaba por controlar Portugal porque era el principal aliado europeo de Londres, además de contar con una poderosa flota si quería que no se le escapase el control del Mediterráneo occidental. Por eso apeló al cumplimiento del Tratado de San Ildefonso. Así pues, Madrid decidió ayudar en este esfuerzo de frenar la influencia inglesa en el país vecino. Esa fue la razón por la que se enviaran sendas cartas al príncipe regente de Portugal, Juan, y a su esposa la infanta Carlota Joaquina, hija de Carlos IV, en este sentido, con ciertas amenazas implícitas. Pero esta gestión diplomática no podía salir bien. Francia presionó a España y se declaró la guerra a Portugal el 28 de febrero de 1801. Estallaba la corta Guerra de las Naranjas. El conflicto proporcionó a España la ocupación de Olivenza, localidad que desde entonces pertenece a nuestro país. Francia obtuvo la mitad del territorio de la Guayana. Tampoco eran pérdidas terribles para Portugal, pero Napoleón tenía sus propios intereses y objetivos no declarados, relativos a la ocupación de tres provincias portuguesas, aspecto que el acuerdo hispano-portugués no contemplaba. Al parecer, hubo un retraso del correo que llevaba las órdenes del emperador por un accidente, por lo que llegaron el día 7 de junio y el acuerdo se firmaría el día 8 pero Godoy, que no estaba dispuesto a seguir los dictados de Napoleón, hizo que el tratado se fechara el día 6, para dejar claro que las órdenes habían llegado tarde. Este hecho provocó la ira de Napoleón que pensó en anular el acuerdo, pero Madrid se mantuvo firme.
Cuando el emperador abandonó el imposible proyecto de invadir Gran Bretaña, decretó el denominado Bloqueo Continental, con el fin de asfixiar la economía inglesa, prohibiendo que la Europa continental comerciase con las Islas Británicas. El punto débil de este bloqueo era, lógicamente, Portugal. Esa fue la razón por la que Bonaparte decidiera la invasión de este país. Pero era necesario contar con el permiso español para que pasasen las tropas. Y esa es la razón del nuevo Tratado, que fue firmado por parte española por el naturalista y diplomático Eugenio Izquierdo, y factor de Godoy, mientras que por parte francesa lo hizo el militar Gérard Duroc. El Tratado no solamente establecía el permiso de paso, sino que, además, organizaba el reparto de Portugal entre Francia y España. El país sería dividido en tres zonas. El norte, desde Oporto hasta el Miño, pasaría a denominarse Reino de Lusitania, y sería entregado a Carlos Luis de Borbón-Parma, sobrino de Fernando VII y que había sido rey de Etruria entre 1803 y 1807. Era una forma de compensarle. El Portugal central se convertiría en una especie de moneda de cambio por Gibraltar y la isla de Trinidad, en manos de Gran Bretaña. Manuel Godoy se haría con el sur, el Principado de los Algarves. Las colonias portuguesas se repartirían entre Francia y España según un acuerdo que habría que firmar más adelante.
Lo que es menos conocido del público es que en virtud del Tratado comenzó la invasión de Portugal con tropas españolas también. El ejército español tomó Oporto, pero también por el centro-sur se llegó a Setúbal. Por su parte, el general francés Junot cruzó España con un ejército expedicionario, y pasó a Portugal por Alcántara el 20 de noviembre de 1807. Diez días tardó en entrar en Lisboa. Este hecho provocó la marcha de la familia real portuguesa a Brasil.
Pero para la Historia de España lo significativo tiene que ver con que muy pronto se fue consciente que Napoleón tenía otros planes en relación con el Tratado firmado. Las tropas francesas que iban pasando los Pirineos fueron situándose en ciudades y lugares estratégicos que nada tenían que ver con la ocupación de Portugal. Así se montaron guarniciones en Salamanca, Burgos, Barcelona, Figueres, Pamplona o San Sebastián. Hay historiadores que piensan que en realidad había una especie de tratado oculto entre Bonaparte y Godoy, en línea con la tradicional visión negativa en relación con valido, pero esto no parece muy posible. La familia real marcó a Aranjuez por si había que huir vía Sevilla-Cádiz hacia las Indias, como había hecho la familia real portuguesa. En Aranjuez estallaría el famoso Motín de Aranjuez en marzo de 1808, empujado por el partido fernandino contrario a Godoy, con las consecuencias que todos sabemos, de subida al trono de Fernando VII y el proceso hacia el viaje a Bayona, las abdicaciones en dicha localidad francesa, y el levantamiento popular en mayo de 1808. Sin lugar a dudas, este Tratado tuvo grandes consecuencias en la Historia de España en un momento crucial, el del comienzo de la crisis del Antiguo Régimen.
